有鉴于此，达赖前往高雄县甲仙乡小林村举行“祈福”法会，高雄市罕见地采取了高规格维安，层层人墙戒护让人难以接近，法会历时仅仅约10分钟。
台湾宗教界强烈反弹。台湾妈祖联谊会会长、大甲镇澜宫副董事长郑铭坤表示，妈祖联谊会所属各宫庙，在“八八水灾”发生后，立即发动赈灾，此时民进党南部七县市首长邀请达赖喇嘛来台举办祈福法会，是抹杀台湾宗教界的努力，而且外来的祈福方式不见得符合灾民需求，有消费灾民之嫌。佛光山开山宗长星云大师接受采访时直言，达赖喇嘛这次不应该来台湾，没受灾的地方邀请他，就是宗教之外的政治操弄。台湾宗教团体“中华道教总会”负责人不平地说，大家都在为灾民作最直接服务，默默付出；而政治明星像是达赖莅临灾区以后，造成救灾活动受阻，消耗社会资源，大家看得很清楚。
岛内媒体指出，民进党人抛出达赖来台祈福的战术，人道目的是假，基于政治利益操作议题为真，借机给饱受“救灾不力”指责的马英九当局制造两难困局。
达赖成行，不仅台湾内部掀起波澜，好不容易建立的两岸和平发展稳定关系也受到冲击。国台办两次公开谈话表示坚决反对，密切关注事态发展，并特别指责民进党一些人别有用心。同时，大陆推迟多项两岸交流，即便如期举行也降低出席层级。
台当局旋即展开“灭火”动作，除了协调取消达赖国际记者会，限缩其言行范围，国民党党政高层也回避和他碰面。9月1日上午，达赖在高雄巨蛋(综合体育馆)举行法会，第一排贵宾席多出20个空位，马英九、萧万长、刘兆玄、王金平、吴伯雄等均缺席，也未指派代表出席。
直到离开台湾，达赖始终无法比照前两次访台“规格”获马英九接见，高层均没有安排跟达赖会面，李登辉也以“太忙没空”为由婉拒“叙旧”。
而民进党阵营，除党主席蔡英文和高雄市长陈菊等人外，邀达赖入台的其他六县市首长迟迟不与其碰面，昔日“四大天王”苏贞昌、谢长廷、吕秀莲、游锡堃也都没在有关场合露面，让人嗅出不寻常的味道。
对此，东吴大学政治系助理教授徐永明认为，民进党是希望赚大，然后把损失缩到最小，刻意降低政治味，不想把未来与大陆接触的门完全锁死。他指出，大陆针对达赖来台的批判指向“部分民进党人”，并未指名道姓，所以与达赖保持距离，对岛内有意参选2012“大选”的人来说，是符合逻辑的做法。
9月3日，台湾民间团体再次聚集在达赖住宿的台北福华大饭店对街，举着“政治操弄 侮辱宗教”、“台独勾结藏独 破坏两岸和平”等横幅或标牌，高喊“达赖迅速离台 人民专心救灾”等口号，并递交抗议信呼吁停止一切分裂中国的活动。4日一早，达赖离开下榻饭店，全程仍由警方维安前往桃园机场，搭乘7时50分华航班机离台。
纵观这次事件，台湾中国文化大学教授邵宗海说，民进党开始以为得计，但很快发现台湾人民的态度并不那么欢迎。淡江大学大陆研究所所长张五岳指出，民进党没有得分，所失远大于所得，这就是为何很多民进党县市首长对这件事立场都不一致。香港报章则认为，大陆方面有区隔、有节制的反应，看穿了政客离间之计，尺度拿捏十分准确。
台湾《中国时报》、《工商时报》等媒体也纷纷发表评论，担心这一事件破坏两岸好不容易建立的良性互动，呼吁台湾各界应抛开政治算计，尽快修补两岸关系。（责任编辑：陈瑜）
